El 5 de julio de 1.500 otorgó la Corte de Castilla, licencia al sevillano Rodrigo de Bastidas para emprender conquistas en el nuevo mundo. Salió de Cádiz el nuevo conquistador en octubre de ese año según unos, enero de 1.501 según otros, acompañado de Juan de la Cosa.

Llegó a Venezuela tocó después en el Cabo de la Vela termino de los anteriores descubrimientos. Recorrió de primero las costas del Río del hacha y visitó la ensenada de Gaira. El 22 de marzo estuvo a punto de zozobrar en las bocas de un gran río que llamó Magdalena, nombre que conserva.

El 15 de diciembre de 1521 obtuvo Rodrigo de Bastidas permiso del emperador Carlos V para repetir sus exploraciones. En esta vez mediaron las condiciones de delimitar sus descubrimientos a la parte comprendida entre el Cabo de La Vela y la Boca del Río de la Magdalena y que dentro de dos años fundaría una población de cincuenta habitantes. Por lo menos no pudo Bastidas efectuar su viaje hasta el año 1525. A mediados de él zarpó de Santo Domingo, con cuatro bajeles y llegó a la Bahía de Gaira el 29 de julio. A este puerto dio el nombre de Santa Marta.